ポケットモンスターSPECIAL 金・銀・クリスタル

ポケモントレーナーのゴールドは、ジョウト地方を旅していた。ある日、彼のバッグが何者かに盗まれてしまう。最初は単なる荷物を取り戻すための追跡だったが、やがてその背後に大きな陰謀が隠されていることが明らかになる。盗んだ者たちは、危険な計画を企てる組織の一員だったのだ。

追跡の途中でゴールドは、敵組織と因縁を持つ少年シルバー、そして驚異的な捕獲能力を持ちオーキド博士のポケモン図鑑完成に協力するトレーナー、クリスタルと出会う。さらに、かつて図鑑を託された三人のトレーナーとイエローも加わり、彼らの戦いが始まる。

ゴールドたちは、復活したロケット団と仮面の男の暗躍に立ち向かわなければならない。果たして彼らは、その野望を阻止することができるのか。