ポケットモンスターSPECIAL

レッドはマサラタウンに住む少年で、偉大なポケモントレーナーになることを夢見ている。幼なじみのライバルであるグリーンと共に家を出て、カントー地方を旅しながらポケモンを捕まえ、ジムバッジを集めていく。道中で他のトレーナーや、旅の仲間となるさまざまなポケモンたちと出会う。

しかし、楽しいことばかりではない。犯罪組織ロケット団は、極めて珍しいポケモンであるミュウを狙っており、他のポケモンたちに実験を加えて力を増幅させようとしていた。レッドと仲間たちは彼らの計画を阻止し、カントー地方のポケモンたちを守るために立ち向かわなければならない。

旅を進めるうちに、若きトレーナーたちはポケモンの世界が想像以上に深い秘密を秘めていること、そして自分たちの選択が人とポケモンの均衡を変えうることを知っていく。