ポケットモンスターSPECIAL: ルビー・サファイア

ルビーとサファイアは、ホウエン地方を巡る旅に出る。ルビーはすべてのポケモンコンテストの制覇を、サファイアはすべてのジムでの勝利を目指す。二人に与えられた期限は80日。その目標を果たすため、彼らは地方を駆け巡り、数々の試練を乗り越えていく。

しかし、その計画は二つの犯罪組織の出現によって妨げられる。大地を愛するマグマ団と、海を愛するアクア団。彼らはホウエン地方の均衡を揺るがしかねない脅威となる。ルビーとサファイアは旅を続けるため、彼らに立ち向かわなければならない。

さらに、ルビーとサファイアはもっと個人的な問題にも向き合うことになる。二人の間に芽生え始めた感情だ。互いの違いや迫りくる危険にもかかわらず、二人の関係は次第に複雑なものになっていく。