ポケットモンスターSPECIAL Ωルビー・αサファイア

アクア団、マグマ団、そしてガイル・ハイドアウトの脅威が去り、ホウエン地方に平和が戻った。しかし、新たな危機が地方を覆い始め、スティーブン・ストーンは再びルビー、サファイア、エメラルドの力を借りることを決意する。

三人の若きトレーナーたちは、苦労して築き上げた均衡を揺るがす未知の危険に立ち向かわなければならない。彼らの絆と技量は、この新たな脅威の正体を探る中で試されることになる。

冒険は、安全だと思っていたホウエン地方での新たな挑戦へと彼らを導く。チームワークとポケモンたちの力が、これまで以上に重要となる。