東京アンダーグラウンド

浅葱留美奈は、かわいい女の子とバラ色の生活を夢見る高校生。科学オタクの友人・五十鈴銀之助と平凡な日々を送っていたが、ある日、自宅の庭に巨大な穴が開いているのを発見する。そこから現れたのは、気の強い金髪の女性チェルシー・ロレックと、留美奈が夢に見ていた少女・沙羅沙瑠璃だった。

東京の地下には、太陽の光が届かない忘れ去られた世界「東京アンダーグラウンド」が存在する。瑠璃はその地下世界で重要な役割を担う「生命の巫女」であり、チェルシーは元素を操る能力を持つ彼女の護衛だった。二人は、瑠璃を何としても連れ戻そうとする組織「カンパニー」から逃げてきたのだ。

やがて留美奈の家は争いの場となり、彼は魔法と危険に満ちた世界へと巻き込まれていく。