ミュウと波導の勇者ルカリオ

ロータの村では、数世紀前に「世界のはじまりの樹」の力を使って戦争を止めたという伝説の英雄、波導の勇者アーロンを讃える祭りが開かれていた。サトシとピカチュウは、今年の勇者を決めるトーナメントに参加し、見事優勝して波導の勇者に選ばれる。城では盛大な舞踏会が開かれるが、そこへ突然幻のポケモン・ミュウが現れ、ピカチュウを連れ去ってしまう。

その後、長い封印から解き放たれた波導ポケモン・ルカリオがサトシと出会う。ピカチュウはどこにいるのか、ミュウの目的は何なのか、波導の勇者の伝説に隠された秘密とは何か、そしてそれがルカリオの隠された過去とどう関わっているのか。二人は共に謎を解き明かすため旅立つ。その行き着く先は「世界のはじまりの樹」。そこには危険と真実が待ち受けていた。