ポケットモンスターアドバンスジェネレーション ミュウと波導の勇者　ルカリオ

ロータの村では、数世紀前に戦争を止めたと伝説に語られる「波導の勇者」アーロンを讃える祭りが毎年開かれている。サトシとピカチュウは、新しい勇者を選ぶトーナメントで優勝し、アーロンの杖を授かる。祝典の最中、幻のポケモン・ミュウが現れ、ピカチュウを連れ去ってしまう。同じ頃、何世紀にもわたって封印されていたポケモン・ルカリオが杖から姿を現し、サトシと出会う。

ルカリオは、師であるアーロンに自分が見捨てられたと信じ、人間に対して恨みを抱いていた。しかし、ミュウがピカチュウを連れて行った場所、「世界のはじまりの樹」への道を知るのはルカリオだけだった。サトシと仲間たちはルカリオの信頼を得て、ピカチュウを救うために世界のはじまりの樹へと旅立つ。その中で、波導の勇者の伝説の裏に隠された真実と、アーロンとルカリオの絆が明らかになっていく。