名探偵コナン　１００万ドルの五稜星

江戸川コナンとその仲間たちは、剣道大会に出場するため北海道・函館を訪れる。そこで少年探偵は、新選組の土方歳三が隠した財宝に言及する謎の手紙に遭遇する。その手がかりは五稜星、すなわち五稜郭の敷地に刻まれたのと同じ五芒星の形に関係していた。

やがて事件は急展開を見せる。刃物による傷を負った遺体が発見され、何かを知っていそうで口を閉ざす謎の女性・塚本清美が現れる。コナンは五芒星の謎を解き明かさなければならない。その一方で、危険な組織も同じ財宝を狙っていた。