機巧少女は傷つかない

20世紀前半、技術の進歩と魔術が融合し、魔術回路を用いて物体に命と人格を宿らせる新たな学問「機巧魔術」が生まれた。元々は軍事兵器として開発されたこの力は、今や世界中に広がっている。赤羽雷真は、同世代で最強の魔術師になるという野望を胸に、自身の自動人形であり武器でもある少女・夜々を連れて王立機巧学院に入学する。

しかし、卓越した戦闘能力と並外れた決意を持つにもかかわらず、雷真の学業成績は壊滅的で、クラス最下位に甘んじていた。頂点を目指し、最強と認められるために、彼は熾烈な競争と高いリスクが渦巻く学院という環境で、危険な同級生たちと向き合い、打ち勝たなければならない。