機巧少女は傷つかない

20世紀初頭、科学と魔術の融合が生み出した「機巧魔術（マキナート）」は、機械人形（オートマトン）に生命と知性を宿らせる魔術回路である。これらの人形は軍事兵器として発展し、世界中に広まっていった。

赤羽雷真は、最高の人形使いとなるべく王立機巧学院ヴァルプルギスに入学する。彼に付き従うのは、人間の姿をした少女型自動人形であり、自らの武器でもある夜々。雷真の戦闘技術は卓越しているものの、学業成績は壊滅的だった。頂点に立つためには、学院の上位百名に入る「百傑」の一人を倒し、夜会への参加資格を得なければならない。夜会とは、人形使いたちが自動人形を率いて競い合う大会である。勝者は「魔王」の称号と禁断の魔術へのアクセスを得る。過去の悲劇に突き動かされ、雷真は夜々と共に栄光への道を切り開くべく戦い続ける。