機巧少女は傷つかない

20世紀初頭、技術の進歩と魔術が融合し、物体に命と人格を与える魔術回路「マキノト」が生み出された。主に兵器として用いられるこの存在を携え、赤羽雷真は世界一を目指して王立機巧学院に入学する。彼の傍らには、可憐な少女の姿をした戦闘用自動人形・夜々がいた。

卓越した戦闘能力と揺るぎない決意を持ちながらも、雷真の学業成績はクラスの最下位に近い。頂点へと上り詰めるため、彼は学院で最も危険な学生たちと、常に危険がつきまとい、最強の者だけが生き残る競争の中で戦わなければならない。