空戦魔導士候補生の教官

かつて人類は、装甲魔虫の脅威によって地上を追われ、今では空に浮かぶ都市で暮らしている。そんな世界で、人々を守る最後の希望となったのが魔導士たちだった。彼らは魔法の力で空を駆け、魔虫と戦い続けている。

ミストガンは、そんな魔導士を育成するための浮遊学園都市。そこに暮らす青年カナタ・エイジは、かつて特務小隊S128のエースとして「黒の騎士」と称えられた天才だった。しかし今では、ある出来事がもとで「特務小隊の裏切り者」と蔑まれている。そんな彼に、ある日下された命令は、十連敗中の落ちこぼれ小隊E601の教官への就任だった。

E601に所属するのは、ミソラ・ホイットテール、レクティ・アイゼナッハ、リコ・フラメルの三人の少女たち。それぞれに個性も問題も抱える彼女たちと共に、カナタはチームを立て直し、自らの汚名をそそぐため、そして「裏切り者」と呼ばれるに至った真実を明らかにするために動き出す。