アップルシードα

世界大戦によって荒廃した世界。元SWAT隊員のデュナン・ナットと、彼女の恋人であるサイボーグのブリアレオスは、廃墟と化したニューヨークで傭兵として生き延びていた。街は、差し迫っていると信じる宇宙人の侵略に備える、風変わりで妄想癖のあるサイボーグ市長によって支配されている。ブリアレオスの戦闘能力のおかげで身を寄せる場所は得られたものの、街はサイボーグ向けに設計されており、人間らしい快適さはほとんどなかった。

デュナンは技術の理想郷オリュンポスにたどり着くことを夢見ていたが、ブリアレオスはその存在を疑っていた。市長と別れた後、デュナンは社会から疎外された人間たちのグループに加わる。やがて彼らは、オリュンポスのための任務を帯びていると主張する謎の少女と、その護衛であるサイボーグに出会う。二人は、何としても彼らを止めようとする高度に発達したサイボーグ傭兵部隊から逃れていた。

市長の悪夢はさらに深刻さを増し、人間とサイボーグの同盟が世界を救う唯一の希望となるかもしれない。