アップルシード α

22世紀、デュナン・ナッツとサイボーグのブリアレオスは、伝説の都市オリュンポスを求めて荒廃したニューヨークの廃墟をさまよっていた。生き延びるため、二人は地元の軍閥トゥーホーンズから、危険な二足歩行戦闘マシンの排除という仕事を引き受ける。

任務の最中、彼らは独自の目的を持つアイリスとオルソンに出会う。アイリスが、邪悪なサイボーグ・タロスによる人類が生み出した秘密兵器の奪取を阻止しなければならないと知り、二人は彼らに同行することにする。しかしタロスには独自の計画があり、アイリスを利用して巨大な戦争マシンを起動させようとする。