蒼き鋼のアルペジオ

21世紀初頭、海面上昇により地表の大部分が水没した。その危機的状況の中、突如として現れたのが「霧の艦隊」である。異星の技術を有する自律行動型の謎の艦隊は、人類の海軍力をいとも容易く殲滅した。それから17年、人類は大陸間の移動すらままならない海上封鎖の下で、絶滅の淵に立たされていた。

唯一の希望は、千早群像艦長とそのクルーが運用する潜水艦イ401。霧の艦隊の支配に抗いうる唯一の艦である。最大の切り札は、イ401の「メンタルモデル」であるイオナ。元は霧の艦隊の一艦でありながら、今は人類の側に立って戦うことを選んだ人型の化身である。

彼らは人類に海を取り戻すため、絶望的な任務に身を投じていく。