蒼き鋼のアルペジオ

近未来、地球温暖化による海面上昇が進み、高度な兵器を備えた謎の戦艦群「霧の艦隊」が世界中の海を封鎖し、人類を敗北へと追いやった。霧の艦隊の各艦は、制御中枢を宿した人型の端末「メンタルモデル」を有し、すべては「アドミラリティ・コード」と呼ばれる未知の存在の命令に従っている。

封鎖から十七年後、国立海軍士官学校の元生徒である千早群像は、潜水艦イ401とそのメンタルモデルであるイオナと出会う。イオナは理由は不明ながら人類と手を結んでいた。群像は仲間たちとともに私掠船団「蒼き鋼」を結成し、霧の艦隊に挑み、海の支配権を取り戻すための危険な航海へと乗り出す。