ようこそ実力至上主義の教室へ２年生編

綾小路清隆とクラスメイトたちは、東京都高度育成高等学校での2年目を迎える。新年度は、彼らの能力と戦略を試すために設計された一連の特別試験をもたらした。しかし、最大の試練は、それぞれが個性的な性格と隠された思惑を持つ新入生たちの到来だった。

最初の特別試験では、2年生は筆記試験のために新入生とチームを組むことを余儀なくされる。ルールは非情そのもの。チームの成績が悪ければ、退学となるのは2年生だけなのだ。この仕組みが、強制的な同盟と不信感に満ちた緊迫した状況を生み出す。綾小路にとって事態はさらに複雑になる。新入生の一人が、彼の過去に関わる謎のエリート養成機関「ホワイトルーム」の出身ではないかという疑いが浮上し、学園は静かな戦場と化していく。