とある魔術の電脳戦機

学園都市の高校生・上条当麻は、同居人であるインデックスに誘われ、拡張現実を用いた画期的な対戦ゲーム『電脳戦機バーチャロン』を体験することになる。このゲームでは、プレイヤーは「バーチャロイド」と呼ばれる巨大ロボットを操り、実際の街並みを舞台に戦うことができる。当初は半信半疑だった当麻も、学生たちの間で爆発的な人気を博すこのゲームの熱狂に巻き込まれていく。

しかしやがて当麻は、『バーチャロン』が単なる娯楽ではないことに気づく。ゲームの裏には何か暗いものが潜んでおり、仮想現実と現実世界の境界は徐々に曖昧になっていく。新たな敵と困難に立ち向かう中で、彼の持つ「幻想殺し」の力が試されることになる。