とある魔術の禁書目録

上条当麻は、科学が超常的な力を日常のものに変えた都市、学園都市の学生である。彼は唯一無二の能力「幻想殺し（イマジンブレイカー）」を持ち、その右手であらゆる異能を打ち消すことができるが、その不幸体質はあまりにも桁外れで、能力評価では最低ランクに位置づけられている。

彼の日常は一変する。白い衣装をまとった少女が、自室の窓の手すりにぶら下がっていたのだ。その少女はイギリス清教の修道女インデックスと名乗り、自分の記憶が教会の禁書10万3000冊に置き換えられたために、魔術師たちから追われていると語る。

この出会いをきっかけに、上条は科学と魔術の世界の衝突に巻き込まれていく。インデックスを守り、彼女が抱える知識を狙う者たちと対峙するために。