とある魔術の禁書目録

学園都市。そこに暮らす二百三十万人のうち、八割が学生というこの街では、超能力が『無能力（レベル0）』から『超能力（レベル5）』までの六段階に等級分けされ、日夜開発が行われている。上条当麻は、そんな学園都市に住む『無能力』の高校生。だが彼の右手には、あらゆる異能の力を打ち消す『幻想殺し（イマジンブレイカー）』という力が宿っていた。その力は、彼自身の幸運までも打ち消してしまうのだが。

そんな彼の日常は、一人の少女がベランダの手すりに引っかかっているのを発見したことから一変する。彼女の名はインデックス。教会が持つ禁書目録を記憶させられた魔術師で、その知識を狙う者たちから追われていた。

インデックスを守ることを決意した上条は、科学と魔術、二つの世界の衝突へと巻き込まれていく。