とある魔術の禁書目録

科学の最先端をいく学園都市には、超能力を発現させた「能力者」と呼ばれる学生たちが集められている。その中に、最低ランクの能力しか持たない高校生・上条当麻がいる。だが彼は、あらゆる異能の力を打ち消す「幻想殺し（イマジンブレイカー）」という謎の力を右手に宿していた。\n\nある日、上条は自室のベランダで、イギリス清教に所属するシスター・インデックスと出会う。彼女の頭の中には、教会が禁書目録として指定した魔道書、いわゆる「禁書目録（インデックス）」が記憶されていた。その知識を狙い、危険な魔術師たちの組織が彼女を追っている。\n\nインデックスを守ることを決意した上条は、科学と魔術の衝突に巻き込まれていく。彼の打ち消す力だけが、彼女を傷つけようとする魔術師たちへの唯一の対抗手段となる。