魔法科高校の劣等生

司波達也と司波深雪の兄妹は、魔法が体系化された技術となった国立魔法大学付属第一高校に入学する。天才である深雪は、エリート生徒「ブルーム」が集う一科に配属される。一方、達也は魔法の実技試験の成績が振るわなかったため、二科、いわゆる「ウィード」に回されてしまう。

しかし達也は、並外れた技術的知識、優れた身体戦闘能力、そして彼の見かけ上の無能さとは相反する独自の魔法技術を秘めていた。隠された能力を持つ「ウィード」としての存在は、校内において異端であり、やがて既存の秩序を揺るがす数々の衝突と試練を引き起こしていく。