魔法科高校の劣等生

西暦2095年、魔法はすでに一つの技術として確立され、その研究は厳密な学問分野となっていた。主人公の司波達也と司波深雪の兄妹は、名門・国立魔法大学付属第一高校への入学を目前に控えていた。

しかし、この高校には厳格な規則があり、生徒は一科生と二科生に振り分けられる。優秀な深雪は一科生として迎えられるが、兄の達也は二科生として扱われることになる。この待遇の差こそが、二人が直面する数々の問題の始まりにすぎなかった。

二級の生徒と見なされる達也は、実は既存の体制を揺るがすほどの能力を秘めている。学校生活に適応していく中で、一科生と二科生の対立や外部からの脅威が二人の絆を試し、やがてその力の真の規模が明らかになっていく。