新・魔法科高校の劣等生　キグナスの乙女たち

司波達也と深雪が卒業してから一年後、物語は姉妹として育てられた二人の少女、アリサとマリカを追う。アリサは名門魔法師一族である十文字家に引き取られることとなり、二人は二年間離ればなれになる。

現在、二人は国立魔法大学付属第一高校に入学し、ついに再会を果たす。アリサは十文字克人の異母妹であり、父の再婚前の過ちによって生まれた子だった。新しい学園生活に馴染もうとする中で、二人は家族の絆と、自らを取り巻く魔法の遺産がもたらす試練に立ち向かわなければならない。