魔法科高校の劣等生 古都内乱編

パラサイトドール事件から二ヶ月後、一連の事件の黒幕である周公瑾は京都へ逃れ、古式魔法の使い手たち「伝統派」の間に身を隠していた。古都では全国魔法科高等学校論文コンペティションが開催されようとしており、学術的な催しであるはずのその場に、危険な影が忍び寄る。

司波達也は、叔母である四葉真夜から要請、いや命令にも近い形で、周公瑾捕縛への協力を求められる。妹の深雪とともに、達也は争いの中心へと足を踏み入れる。そこでは九島家が伝統派の主要な対抗勢力として立ちはだかっていた。

やがて兄弟は、長年密かにくすぶり続けてきた因縁と向き合うことになり、さらには予期せぬ脅威——強化魔法師の天才と遭遇する。