とある科学の超電磁砲

科学技術の最先端をいく学園都市には、二百三十万人もの学生が暮らしており、その大半が超能力を身につけている。七人しかいないレベル5の一人であり、「超電磁砲」の異名を持つ御坂美琴は、学生で構成された治安維持機関「ジャッジメント」に所属する白井黒子とルームメイトとして日々を送っている。低レベル能力者の初春飾利とその友人である佐天涙子も加わり、四人はこのテクノロジー都市でにぎやかな日常を過ごしていた。

やがて学園都市を揺るがす一連の奇妙な事件が起こり始めると、美琴はそれらすべてが「レベルアッパー」と呼ばれる伝説の装置に関係していることに気づく。それは使用者の能力レベルを引き上げるとされる代物だった。事態が深刻化するにつれ、レベルアッパーにははるかに邪悪な何かが隠されており、この都市が見せかけのような理想郷ではないことが明らかになっていく。