とある魔術の禁書目録III

上条当麻は、右手でいかなる超常の力も打ち消す『幻想殺し』を持つ、学園都市の学生である。彼は、科学サイドと魔術サイドの間で激化する争いに巻き込まれていく。学園都市への侵攻の後、政治的緊張は高まる一方であり、学園都市はローマ正教に対して宣戦布告も辞さない構えを見せ、世界を全面戦争へと突き落とそうとしている。

一方、上条、一方通行、そして真の無能力者である浜面仕上は、それぞれ別々の道を歩みながらも、混乱の中で大切な人々を守るために戦い続ける。科学と魔術の戦いはクライマックスを迎えようとしており、上条はインデックスを守り、世界の崩壊を防ぐために全力を尽くさなければならない。