とある科学の超電磁砲

学園都市に暮らす御坂美琴、白井黒子、初春飾利、佐天涙子の四人は、新たな物語に巻き込まれていく。Level 5の第三位である美琴は、電磁力を操る能力と学生としての日常の狭間で日々を過ごしていた。ルームメイトでありJudgment（風紀委員）に所属する黒子は、美琴への強い憧れを抱きつつ、治安維持の任務をこなしている。

やがて、学園都市で謎の事件が動き始め、彼女たちが知る平和が脅かされていく。学園都市の影に潜む何かが、彼女たちだけでなく、能力者（エスパー）システム全体を危険にさらしていく。

四人はこの新たな争いの真相を突き止めるため力を合わせ、友情と能力が試される困難に立ち向かっていく。