涼宮ハルヒの分裂

新学期が始まり、ハルヒの皮肉屋な相談役であり、SOS団唯一の「普通の」メンバーであるキョンは、中学時代の旧友と再会する。その友人、佐々木は、キョンとの友情だけでなく、おそらくはある種の並外れた能力までもハルヒと共有していた。

この偶然の一致が、二人の少女の間に次第に緊張を高めていく。ハルヒの持つ力と、彼女の不満が破滅的な結果を招きかねないことを知るキョンは、SOS団、そして世界全体の未来を変えかねない争いの渦中に巻き込まれていく。