創約とある魔術の禁書目録

学園都市は科学サイドの頂点。科学と魔術が共存するこの街では、住人の大半が学生だ。聖夜を迎え、街は光と喧騒に包まれていたが、勉強が苦手なごく普通の少年・上条当麻は、相変わらず補習と不運に追われていた。

そんなクリスマスムードの中、御坂美琴が学校の目を盗んで祭りを楽しもうと現れる。二人はこの一日を満喫しようと意気投合するが、彼らの一挙手一投足を見つめる謎の第三者の存在には気づいていなかった。

一方、学園都市統括理事会の新理事長が最初の作戦を始動させる。それは街全体の根幹を揺るがす計画だった。余すところなく手を打つ中で、これまで姿を隠していた敵たちが次第にその正体と意図を現し始める。