六畳間の侵略者！？

里見孝太郎は、わずか月5000円という破格の家賃で借りた小さなアパートで、高校生としての一人暮らしを始める。しかし、そこには一つだけ難点があった。その部屋には、これまでの入居者をすべて追い出してきた可愛らしい幽霊が出ると言われているのだ。

やがて孝太郎は、新居から彼を追い出そうとする幽霊だけでなく、魔法少女や他の個性的な女性キャラクターたちも次々と現れ、小さなアパートを戦場に変えてしまうことを知る。彼女たちにはそれぞれ部屋を主張する独自の理由があり、孝太郎は平穏を保ちながら新しい自立した生活を楽しもうとする中で、混沌とした超常的な争いに巻き込まれていく。