ロックマン ゼクス

人間とレプリロイドの戦争から数年が経ち、両種族は平和に共存していた。バイオメタルという新技術により、人間はレプリロイドに似た力を得られるようになり、レプリロイドは不死性を手放した。そんな中、運送会社ジーロ・エクスプレスでメッセンジャーとして働く二人の若者、エールとヴァンがいた。

十年前、二人は遊園地でのイレギュラー襲撃で母親を失っており、その傷は今も心に残っている。ある日、謎の荷物を届ける任務を受けるが、その途中で正体不明の集団に襲われる。荷物の中身が「モデルX」と呼ばれるバイオメタルだと知った二人は、それと融合してロックマンへと変身し、驚異的な力を手に入れる。

エールとヴァンは新たな力で街を守り、襲撃の黒幕を突き止めるため、人間とレプリロイドの平和を脅かす邪悪な組織に立ち向かっていく。