ロックマン エグゼ

200X年、社会はサイバーネットワークによって完全に結ばれている。誰もが携帯端末（PET）と、ネットナビと呼ばれる人工知能プログラムを持っている。明るい小学生の光熱斗は、自身のネットナビであるロックマンと完璧なシンクロを見せ、ネットバトルに熱中する日々を送っていた。

しかし、この技術のユートピアは、デジタル世界を破壊するためにサイバー攻撃を仕掛けるテロ組織「ワールドスリー」の脅威にさらされる。科学省が占拠され、熱斗の父が誘拐されると、少年とそのネットナビは、最強のコンピュータウイルスと融合した究極のプログラム「ドリームウイルス」という危険な脅威に立ち向かわなければならなくなる。家族を救い、ワールドスリーの野望を阻止するために。