ミュウツー！我ハココニ在リ

劇場版第1作の後、ミュウツーはクローンポケモンたちと共に「ピュアロック」で静かな居場所を見つけていた。一方、サトシと仲間たちはポケモンマスターを目指して旅を続けていたが、ロケット団のリーダーであるサカキがジョウト地方の辺境にミュウツーの居場所を突き止めたことを知る由もなかった。

サカキはミュウツーを再び捕獲しようと企み、新入団員のドミノを送り込む。ドミノは、ムサシとコジロウからピカチュウを助け出そうとしていたサトシたちを誘拐してしまう。さらにクローンポケモンたちも捕らえられ、囮として利用されてしまう。

ミュウツーはサカキと意志をぶつけ合う戦いに挑む。そして、自分もクローンたちも科学の産物でありながら、生きる意味を持てるのかどうかを見出そうとする。