ポケットモンスター ミュウツー! 我ハココニ在リ

ロケット団のリーダー、サカキはジョウト地方の辺境にミュウツーがいることを突き止め、その力を再び利用するために捕獲を計画する。一方、サトシと仲間たちはムサシとコジロウからピカチュウを助け出そうとしていたが、ロケット団の新メンバー、ドミノに拉致されてしまう。

事態はさらに悪化し、クローンポケモンたちもサカキの手に落ち、ミュウツーをおびき出すための囮として利用される。これにより、科学が生み出した最強のポケモンの意志と、ロケット団のリーダーの野望が直接激突することになる。

その中でミュウツーは、自らの存在意義と、他のクローンたちの存在意義について深く問いかけるのだった。