ピカチュウたんけんたい

小さなポケモンたちが昼寝をしている中、突然目を覚ましたトゲピーは、空を飛ぶポケモンたちを見つけて仲間から離れてしまう。それに気づいたピカチュウ、フシギダネ、ゼニガメ、コンパン、マリル、コダックは、トゲピーを探しに出かける。

道中、エレキッドと出会い、タマタマの群れのもとへ案内される。しかし、タマタマの一匹が卵を一つ失っており、トゲピーを無くした卵だと思い込んでしまう。こうして一行は、失われた卵を探す旅をしながら、トゲピーとタマタマたちをさらっていきそうな嵐にも耐えなければならなくなる。