ペルソナ×探偵NAOTO

『ペルソナ4』の出来事から一年。若き警察探偵、白鐘直斗は、旧知の探偵・蒼井塔子から、八神学園の生徒二人の不可解な失踪事件の調査を依頼される。その任務のため、直斗には相棒として、性格も捜査方法も正反対の機械探偵・黒神創世が割り当てられた。

初めての対面の折、直斗は新たなペルソナ、天津甕星を覚醒させる。その力は、創世のペルソナである月読の能力を増幅するものだった。やがて二人は、匿名のウェブサイト「ミッドナイトサイト」の存在に辿り着く。そこでは、日本神話に登場する五柱の神々、鈿女、猿田彦、思兼、手力男、太玉にちなんだ五人組が、他者に裁きを下していた。

やがてこの事件は、塔子が追っていた別の事件と関連していることが明らかになる。五人のうちの一人が死体で発見され、弾道検査の結果、行方不明となった警察官の銃が使用された痕跡が浮かび上がったのだ。直斗たちは、残りの裁き手たちの身元を突き止めて彼らを守り、彼らの命を狙う真犯人を見つけ出さなければならない。