ペルソナ×探偵NAOTO

ペルソナ4の出来事から1年後、探偵・白鐘直斗は旧友の探偵・葵透子から、八雲高等学校の生徒2名が謎の失踪を遂げた事件の調査を依頼される。現地に到着した直斗は、考え方の異なる機械探偵・黒神創世と出会う。意見の相違はありながらも、二人は協力して捜査にあたることになり、初対面の際に直斗は新たなペルソナ、アマツミカボシを覚醒させる。その力は創世の能力を増幅するものだった。

やがて二人は、日本神話にちなむ名を持つ5人の裁判官が他者に判決を下す匿名サイト「真夜中サイト」の存在を突き止める。捜査は混迷を深める中、裁判官の一人が失踪中の警察官に関連する凶器で殺害されているのが発見される。

直斗と創世は、犯人よりも先に残る裁判官たちを見つけ出し、二つの事件をつなぐ陰謀を解き明かさなければならない。