ニンジャスレイヤー キョート・ヘル・オン・アース

ラオモト・カーンがフジキドとナラク・ニンジャに敗れ、ソウカイ・シンジケートは消滅した。しかし、その崩壊はザイバツ・シャドーギルドによる京都共和国支配への道を開くこととなる。ニンジャは人間より優れており、支配するべき存在だと信じる彼らは、新たなる恐怖の時代を始めた。

復讐を続ける決意を新たにしたニンジャスレイヤーは、すべてのニンジャを抹殺するため再び旅立つ。新たな敵、そしてザイバツの権力の影に立ち向かいながら、正義の執行者は暴力と混沌を切り裂いて使命を果たさねばならない。しかし、その一歩一歩が、すべてを変えうる争いへと彼を近づけていく。