マブラヴオルタネイティヴトータル・イクリプスrising

1973年、月面戦争から6年。人類は異星種族「BETA」の侵攻を受け、ユーラシア大陸は蹂躙され、数十億の命が失われた。ユーラシア諸国の崩壊を前に、生き残った者たちはアラスカの基地に集い、人類最後の希望となる新型戦術機の開発に挑む。

アメリカ軍のエリートパイロットであるユウヤは、傲慢な性格が災いし、日米共同の新型機開発プロジェクトへ異動となる。そこで彼を待っていたのは、帝国軍人のユイとの激しい衝突、そしてソ連から派遣された冷徹なパイロット、クリスカとの出会いだった。

互いの信条や立場の違いに反発し合いながらも、彼らは人類の未来を懸けた機体を駆るため、それぞれの壁を乗り越えていく。