マブラヴ オルタネイティヴ トータル・イクリプス

1973年、人類は月面戦争を経て、BETAと呼ばれる地球外生命体の脅威に直面していた。彼らは地球に侵攻し、数十億の命を奪い、ユーラシア大陸の大半を制圧。絶望的な状況の中、生き残った各国は戦術兵器の開発を急ピッチで進め、反撃の機会をうかがっていた。

アメリカのエリートパイロットであるユウヤは、その反骨精神あふれる性格が災いし、アラスカ基地で行われる日米共同計画「プロミネンス」へと異動になる。そこで彼は世界各国から集まったパイロットたちと出会う。中でも、規律を重んじる厳格な日本帝国軍人のユイとは、顔を合わせるなり激しく対立する。さらに、ソ連から来た謎めいた双子、紅の姉妹と呼ばれるクリスカとイーニァもチームに加わる。

彼らは新型の戦術機のテストを重ねながら、BETAとの戦いに身を投じていく。しかし、立ちはだかるのは外敵だけではない。それぞれが抱える葛藤や過去が、チームの結束を試していくのだった。