マクロスΔ外伝 マクロスE

西暦2062年、『マクロスΔ』の物語から5年前。銀河はバジュラ戦役の傷痕からいまだ癒えぬ中、謎の病「ヴァールシンドローム」が広がり始めていた。それはあらゆる生命体に影響を及ぼし、惑星ピプレの巨獣ウナムシまでもが凶暴化し、混乱を引き起こしていた。

惑星間軍事企業ケイオスのピプレ支部は、ヴァールの影響に対抗するため「プロジェクト・スローンズ」を発動する。特殊な歌声で病を鎮める力を持つ女性アイドルユニット「スローンズ」を招聘し、彼女たちを可変戦闘機部隊「エコー小隊」が護衛することとなった。その中に、新人パイロットの金城カイトがいた。カイトはスローンズの一人、ピリカ・ポリワノフに強い憧れを抱いていたが、やがて彼女のよそよそしい態度の裏に隠された悲しみを知り、彼女を守れる存在になろうと決意する。