超時空要塞マクロス【劇場版】愛・おぼえていますか

西暦2009年、人類は巨人型異星人ゼントラーディとメルトランディという二つの勢力を巻き込んだ三つ巴の戦争の渦中にあった。宇宙要塞マクロスと南アタリア島の一部は、フォールド航行の事故により太陽系の果てへと飛ばされてしまうが、やがて地球への帰還の途につく。ゼントラーディ軍との交戦の中、若きパイロット一条輝は人気アイドルのリン・ミンメイを救出する。マクロス艦内の閉ざされた空間で、二人の関係は少しずつ育まれていく。

しかし、マクロスシティへ戻って間もなく、ミンメイはゼントラーディに捕らえられてしまう。輝と士官の早瀬未沙は地球へとたどり着くが、そこで目にしたのは、滅び去った文明の無残な姿だった。混乱が広がる中、はるか昔に発見されたある歌とミンメイの歌声が、戦争の行方を左右する鍵となるかもしれない。