機巧童子 ウルティモ: ゼロ

時は戦国時代、天才科学者ダンストン博士は、完璧なる善と完璧なる悪を体現する二体の自動人形、ウルティモとヴァイスを生み出した。それは、世界に遺す最後の呪いとして。それから千年の時が流れた未来。西東京の「農場なき街」に能面を被った怪人が出現し、治安維持部隊S.K.A.T.をもってしてもこれを止められずにいた。

そこへ現れたのは、善の自動人形ウルティモ。怪人の正体は、彼の対をなす悪の自動人形ヴァイスだった。激突する二体は、互いに深刻なダメージを負ってしまう。

一方、この戦いを機に、日本各地で暗躍を始める者たちがいた。