いますぐお兄ちゃんに妹だっていいたい!

三谷陸人は、父の再婚により新しい弟・歩を受け入れることになる。しかし陸人が知らないのは、歩が実は女の子であり、母親から彼の前では男の子のふりをするよう強いられているということだった。毎日、陸人は可愛すぎる弟に胸を高鳴らせ、歩は優しい兄に本当の自分を隠さなければならないことに苦しんでいた。

春の訪れとともに、二人は名門・麻丘学園に通い始める。そこでは歩もようやく、女の子としての自分らしい服装で過ごすことができる。学園で陸人は、それぞれに欠けたものを抱える級友たちと親しくなっていく。中学からの友人の祭は、女であることの意味を見失っており、冷たい性格の真緒は女の子でありながら男の子のような格好をしている。そして内気な委員長・姫花は、自分を変えたいと願っていた。

陸人は歩と共に、彼らが失ったものを見つける手助けをしようと決意する。