.hack//G.U.

ハセヲは、数百万人のユーザーを抱える人気の多人数同時参加型オンラインゲーム「The World」のエリートプレイヤーである。現実世界では、友人の志乃が原因不明の昏睡状態に陥り入院しており、ハセヲは彼女を目覚めさせる鍵がゲームの中にあると確信している。彼女を見つけるため、彼は他のプレイヤーを狩り続け、悪名高いPK（プレイヤーキラー）となっていく。

彼の唯一の手がかりは、三爪痕（トライエッジ）と呼ばれる謎のプレイヤーだった。ついにその人物と対峙したハセヲは、未知の力によって敗北し、すべてのレベルとスキルを奪われ、レベル1に戻されてしまう。力を失い、時間にも追われる中、彼は自らの力を取り戻し、手遅れになる前に志乃を救う方法を見つけ出さなければならない。