遊☆戯☆王R

バトルシティ大会での勝利後、遊戯たちは束の間の休息を楽しんでいた。しかし、その平穏は長くは続かない。ペガサス・J・クロフォードの弟子である天馬夜行が真崎杏子を誘拐し、海馬コーポレーション本社ビルの奥深く、世界中の危険なデュエリストたちが守る罠へと遊戯をおびき寄せる。

夜行は、師が辿った運命について遊戯を決して許していなかった。その復讐は単なるデュエルを超えている。新たな神のカードを手にし、インダストリアル・イリュージョン社と海馬コーポレーションの支配権を掌握した彼の、杏子に対する真の狙いは見かけ以上に邪悪で、遊戯を極限の状況へと追い込んでいく。