横浜ディセプティコン秘密基地

メガトロンに仕える人工知能ナビコは、タランチュラスの計画によって、イルカへと変形する独自のボディを手に入れた。新たな姿を得た彼女は、メガトロンに宿敵オプティマスプライムの邪悪なクローン、ネメシスプライムに関する情報をもたらす。

メガトロンはネメシスプライムを自陣に引き入れることを決断し、ナビコをトランスワープポータルで2014年、日本の横浜にあるディセプティコンの秘密基地へと送り込む。そこで彼女はクローンを探し出し、リーダーの使命を果たさなければならない。