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ルーリッド村からザッカリアへ向かう旅の途中、ユージオとキリトは、道中でモンスターと戦うメディナという名の若い貴族の少女と出会う。メディナ・オルティナノスは、ノーランガルス皇帝によって「欠陥品」とみなされ、辺境の地へ追放された貴族の家系に生まれた。父を事故で失った彼女の最大の望みは、整合騎士となって家名を雪ぐことだった。

しかし、少女は知らない。偶然出会った二人の旅人もまた、同じく整合騎士団への入団を目指していることを。やがて彼らの運命はより大きな争いへと結びつき、公理教会とその最高支配者に立ち向かうことになる。それは、この仮想世界に築かれた秩序を揺るがす戦いの幕開けとなるのだった。