スーパーマリオくん劇場 ヨッシーNewアイランド

コウノトリが赤ちゃんマリオと赤ちゃんルイージをある夫婦のもとへ届けるが、その夫婦は「自分たちの子どもではない」と言う。コウノトリは本当の両親を探す旅に出るが、道中で再びカメックとその手下たちに遭遇する。カメックはコウノトリを倒して赤ちゃんルイージをさらってしまい、赤ちゃんマリオは近くのたまご島に落ちてしまう。

たまご島では、ヨッシーたちが赤ちゃんマリオを見つけ、弟を助けるために協力することを決める。さらに、たまご島をリゾート地にしようと企むベビィクッパにも立ち向かわなければならない。ベビィクッパを城で倒した後、赤ちゃんマリオとヨッシーたちの名コンビは、コウノトリと赤ちゃんルイージを救い出すために最後の冒険へと向かう。